Existuje řada technik, jak mapovat in vivo vzorky v milimetrové oblasti. Optická projekční tomografie zobrazuje embrya s vysokým rozlišením, ale pouze u fixovaných vzorků. Magnetická rezonance a optická koherenční tomografie umožňují neinvazivní zobrazování, ale neposkytují dostatečný kontrast. Laserová rastrovací mikroskopie používající zelený fluoreskující protein (GFP) umožňuje zobrazit rozložení proteinů v živém organismu s vysokým rozlišením, ale nemá dostatečnou hloubku v heterogenních vzorcích. Nová metoda selektivní plošné iluminační mikroskopie (SPIM) vyvinutá v laboratořích EMBL v Heidelberku posvítí laserovou ploškou 2-8 mikrometrů tlustou na řez biologického vzorku a pak vzorkem pohybuje, tak aby zachytila obraz v různé hloubce. Vzorky jsou umístěny ve válci s nízkou koncentrací agarosy, přičemž rozptyl a absorpce ve vzorku tkáně jsou korigovány rekonstrukcí s pomocí vícenásobných trojrozměrných údajů o témže objektu, získaných z různých úhlů. Byly už získány obrázky z embryí ryby Oryzias latipes, kdy s pomocí GFP se podařilo zobrazit vnitřní struktury čtyřdenního embrya s rozlišením 6 mikrometrů až do hloubky 0,5 mm, což je přibližně rozměr celého embrya. Nyní se vynálezci této metody snaží získat obchodní partnery pro výrobu příslušného optického přístroje.